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Institut de
Recherche sur la
Biologie de l'
Insecte
 
 
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Personnel

Diane
BIGOT
Doctorante
Equipe : E.V.E

Compétences techniques :

Bioinformatique : Programmation Python, Bash, R, JAVA. Analyse de données NGS (transcriptomique, RNA-seq). Phylogénies moléculaires.

Biologie moléculaire : Extraction d’ARN et d’ADN, PCR, qPCR.

 

Thématique de recherche :

Mots-clefs : Transcriptomique, Métagénomique, Animaux non-modèles, Nouveaux Virus, Evolution

 

La thématique de mes recherches de doctorat est l’étude de la biodiversité virale présente dans les transcriptomes d’animaux non-modèles, de manière globale et non biaisée. La majorité des virus bien caractérisés concernent l’Homme, les Animaux d’élevages et domestiques ou encore les Insectes vecteurs de maladies. L’intérêt de cette étude porte sur le fait que les animaux non modèles, représentant plus d’1 million d’espèces dans le monde, constituent un réservoir inexploré de diversité virale potentielle. Ainsi l’intérêt d’étudier de nouveaux animaux est d’acquérir de nouvelles connaissances sur l’histoire des virus au sein de leurs hôtes.

 

La métagénomique est l’étude du contenu génétique d’un environnement complexe; dans ce cas les animaux non-modèles. Quel que soit leur milieu d’origine, marin ou terrestre, ces animaux sont susceptibles, au cours de l’évolution de leur espèce, d’avoir interagit avec une grande diversité de virus connus ou inconnus. C’est pourquoi étudier des animaux dits non-modèles peut permettre de combler les lacunes que nous avons de la diversité virale et de comprendre l’histoire évolutive des virus et des leurs hôtes.

 

Depuis l’arrivée des nouvelles technologies de séquençages (Next Generation Sequencing, NGS) de nombreuses données ont montré l’importance de la métagénomique dans l’étude de communauté virales, qu’il s’agisse d’environnements marin, animal ou végétal. Ainsi ce type de méthodologie est connu pour être un outil puissant pour la découverte de nouveaux virus.

 

Je dispose actuellement de 441 transcriptomes, il s’agit de la partie exprimée des génomes qui a été séquencée par la technologie Illumina. Le but de mes recherches est d’utiliser ces données afin d’y détecter une présence virale, qu’il s’agisse de virus libres ou d’éléments viraux intégrés (EVE). En effet, de nombreuses familles virales sont capables de s’intégrer aux génomes de leurs hôtes et ainsi de participer à l’évolution de leur génome. Mon travail consiste à la détection bioinformatique de nouveaux virus par l’analyse de transcriptomes d’animaux, la reconstruction de génomes viraux et la construction des phylogénies associées à ces nouveaux virus afin de décrire leur origine et ainsi de les replacer dans la taxonomie des virus.

Image d'illustration

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